बंकिमचन्द्र ने 'हिन्दू ब्वॉयज एसोसिएशन' नामक एक संस्था भी बनाई। इसमें विवेकानन्द की पुस्तकों को पढ़ाया जाता था। 13 फरवरी, 1914 ई. को पुलिस ने बंकिमचन्द्र मिश्र के कमरे की तलाशी ली जिसमें बहुत से क्रांतिकारी साहित्य बरामद हुए। 1915 ई. में बंकिमचंद्र को सचिन्द्र नाथ सान्याल के साथ 'बनारस षड्यंत्र कांड' के सिलसिले में गिरफ्तार किया गया। बंकिमचन्द्र को इसमें तीन वर्ष सश्रम कारावास की सजा हुई। पटना कॉलेज के प्रोफेसर यदुनाथ सरकार पर भी क्रांतिकारी गतिविधियों में संलग्न रहने के प्रमाण हैं।